नेपालको कृषि विकास सम्बन्धी कार्यक्रम संचालनको थालनी संस्थागत रूपमा वि. सं. १९७८ मा चारखालमा स्थापित कृषि अड्डाबाट शुरू भएको हो । वि. सं. १९८२ सालमा सिंहदरबार परिसरमा कृषि प्रदर्शन फार्म खुल्यो । यसपछि कृषिको समग्र विकास गर्ने उद्देश्यले वि.सं. १९९४ मा कृषि परिषद्को गठन भयो । परिषद्‌बाट कृषि विकासको लागि कृषि फार्महरू खोल्ने, सर्भेक्षण कार्यहरू गर्ने जस्ता कार्यहरू भए । वि. सं. १९९८ सालमा त्रिपुरेश्वरमा भेटेरीनरी अस्पतालको स्थापना भयो । त्यसै वर्ष नहर शाखाको समेत स्थापना भयो । वि. सं. २००० मा मकवानपुरको चित्लाङ्ग र नुवाकोटको ककनीमा भेडा फार्महरू खुले । वि. सं. २००४ मा परवानीपुर सेन्ट्रल एक्सपेरिमेन्टल एण्ड रिसर्च फार्म खडा गरी कृषि अनुसन्धानलाई जोड दिन थालियो । वि. सं. २००७ को परिवर्तनपछि कृषि परिषद्‌बाट भएका विभिन्न कार्यहरूको लेखाजोखा भयो । त्यसैको आधारमा वि. सं. २००८ मा कृषि परिषद्लाई विघटन गरी त्यसबेलाको सबैभन्दा माथिल्लो निकायको रूपमा रहने गरी कृषि विभाग स्थापना भयो । 

वि. सं. २०१० मा कृषि विभागमा एग्रोनोमी, हर्टिकल्चर, लाईभस्टक एण्ड डेरी, एग्री ईन्जिनियरिङ्ग र फिसरिज (भेटरेनरी बाहेक) गरी ५ सेक्सनहरू खडा भए । ती सेक्सनका मातहतमा कृषि विकासका विभिन्न कार्यक्रमहरू संचालन हुन थाले । 

वि. सं. २०१० सालमा सहकारी विभाग स्थापना भयो । यही सालमा कृषि स्कूलको स्थापना पनि गरियो । 

वि. सं. २०१२ सालमा नहर शाखालाई नहर विभागको रूपमा विस्तार गरियो । 

वि. सं. २०१७ सालमा श्री रानी जगदम्बा कुमारीद्वारा श्री जगदम्बा कलेज अफ एगृकल्चर एण्ड रिसर्च ईन्ष्टिच्यूटका लागि पहिले स्थानीय विकास मन्त्रालय रहेको पुल्चोकस्थित श्रीमहल भन्ने नीजि महल कृषि विकासको भौतिक संरचनाको रूपमा प्राप्त भयो । वि. सं. २००४ सालमा स्थापित परवानीपुर कृषि फार्मलाई बहुमुखी कृषि स्टेशनको रूपमा परिवर्तन गरियो । वि. सं. २०१९ सालमा कीर्तिपुर बागवानी केन्द्र र गोदावरी मत्स्य विकास केन्द्रको स्थापना भयो ।

वि. सं. २०३० सालमा सिंचाई सम्बन्धी कार्यक्षेत्र पनि कृषि मन्त्रालय अन्तर्गत समावेश गराई मन्त्रालयको नाम खाद्य, कृषि तथा सिंचाई मन्त्रालय राखियो । आ.व. २०३७/३८ मा मन्त्रालयको कार्यभारमा पुनर्गठन भई यस मन्त्रालय अन्तर्गत संचालन हुंदै आएको सिंचाई र खाद्य व्यवस्थाको जिम्मेवारी क्रमशः जलश्रोत मन्त्रालय र आपूर्ति मन्त्रालयलाई गएपछि मन्त्रालयको नाम कृषि मन्त्रालय रहन गयो । आ.व. २०४७/४८ देखि सहकारी आन्दोलन प्रभावकारी रूपमा अगाडि बढाउन साझा विकास विभागसम्बन्धी कार्यक्रमलाई कृषि मन्त्रालय अन्तर्गत समावेश गराएपश्चात् आ.व. २०५५/५६ देखि यस मन्त्रालयको नाम कृषि तथा सहकारी मन्त्रालय भएको थियो भने नेपाल सरकार, मन्त्रिपरिषद्को मिति २०६९ जेष्ठ ५ गतेको निर्णयानुसार यस मन्त्रालयबाट सहकारी विभाग अलग भइसकेपछि यस मन्त्रालयको नाम कृषि विकास मन्त्रालय रहन गयो । नेपाल सरकार (मन्त्रिपरिषद्) को मिति २०७२।९।९ को निर्णयबाट कृषि विकास मन्त्रालयबाट पशुपन्छी विकास क्षेत्रको विकासको लागि भनी छुटै कृषि विकास मन्त्रालय र पशुपन्छी विकास मन्त्रालय गठन भएको थियो ।

नेपालको संविधानको धारा ८२ को उपधारा (१) को अधिकार प्रयोग गरी नेपाल सरकार, मन्त्रिपरिषद्‌बाट स्वीकृत “नेपाल सरकार (कार्य विभाजन) नियमावली, २०७४” को नियम ३, अनुसूची-१ मा उल्लेख भए बमोजिम नेपाल सरकारको कार्यसम्पादनको लागि साविकमा रहेका ४ वटा मन्त्रालयहरु (कृषि विकास मन्त्रालय, भूमीसुधार तथा व्यवस्था मन्त्रालय, सहकारी तथा गरिवी निवारण मन्त्रालय र पशुपन्छी विकास मन्त्रालय) लाई एकिकृत गरी कृषि, भूमीव्यवस्था तथा सहकारी मन्त्रालय गठन भई सोही अनुसार कार्य विभाजन समेत भएको थियो ।यसै क्रममा मिति 2076/4/10 गते पुनः नेपाल सरकार (कार्य विभाजन) नियमावली, २०७४ को संशोधन गरी कृषि तथा पशुपन्छी विकास मन्त्रालय र भूमि व्यवस्था, सहकारी तथा गरिवी निवारण मन्त्रालय गठन भई कृषि तथा पशुपन्छी क्षेत्र सँग सम्वन्धी सम्पूर्ण कार्यको लागि कृषि तथा पशुपन्छी विकास मन्त्रालयले कार्य गर्दै आएको छ ।

कृषि नेपाली अर्थतन्त्रको प्रमुख क्षेत्र हो । यसले कुल जनसंख्या को करिव ६५ प्रतिशत रोजगारीको अवसर प्रदान गर्दछ र जीडीपी करिब २७ प्रतिशत योगदान छ । त्यसैले, कृषि क्षेत्रको विकास र राष्ट्रिय अर्थतन्त्रको विकासका लागि महत्वपूर्ण छ । कृषि तथा पशुपन्छी विकास क्षेत्रको विकास र समृद्धिको लागि सम्पूर्ण जिम्मेवारी वहन गर्दछ । देशको आवश्यकता र सम्भाव्यता अनुरूप कृषि विकाससम्बन्धी नीति तर्जुमा एवं कार्यान्वयन गर्ने मूल उद्देश्य बोकेको यस मन्त्रालयको लक्ष्य व्यावसायिक एवं प्रतिस्पर्धात्मक कृषि प्रणालीबाट उच्च एवं दीगो आर्थिक वृद्घि हाँसिल गरी खाद्य सुरक्षा तथा गरिबी निवारणमा योगदान पुर्याउनु रहेको छ ।